Endoskopia diagnostyczna polega na wprowadzeniu endoskopu do przewodu pokarmowego lub oddechowego w celu określenia nieprawidłowości w budowie anatomicznej, funkcjonowaniu czy zlokalizowaniu konkretnych chorób. Endoskopia zabiegowa w niektórych przypadkach umożliwia wykonanie zabiegu bez potrzeby przeprowadzania otwartego zabiegu chirurgicznego.

Zarówno przy zabiegach leczniczych, jak również tych diagnostycznych polegających na badaniu wnętrza ciała przy wykorzystaniu endoskopów możliwe jest zastosowanie znieczulenia ogólnego. Ma ono na celu zniesienie dyskomfortu odczuwanego przez pacjenta w trakcie badania.

Anoskopia

Anoskopia to badanie endoskopowe polegające na obserwacji końcowego odcinka odbytnicy za pomocą specjalnego wziernika. Podczas tego badania lekarz może wykonać proste zabiegi terapeutyczne, a także pobrać wycinek do badania histopatologicznego. Anoskopia zazwyczaj wykorzystywana jest w  diagnozowaniu nowotworów, hemoroidów, stanów zapalnych,  przetok okołoodbytowych, szczelin odbytu, polipów odbytu.

Gastroskopia

Gastroskopia zajmuje się badaniem górnego odcinka przewodu pokarmowego. Jej zadaniem jest skontrolowanie stanu przełyku, żołądka oraz dwunastnicy. Badanie polega na wprowadzeniu przez jamę ustną do przewodu pokarmowego giętkiego endoskopu zakończonego kamerą. Jednym z rodzajów badania jest gastroskopia przeznosowa. Zabieg jest znacznie lepiej tolerowany przez pacjentów, gdyż nie wywołuje odruchów wymiotnych. O rodzaju gastroskopii zazwyczaj decyduje lekarz ją wykonujący, po uprzedniej analizie stanu pacjenta.

Kolonoskopia

Kolonoskopia to badanie dolnego odcinka przewodu pokarmowego, polegające na obserwacji wnętrza jelita grubego za pomocą specjalnego endoskopu zakończonego kamerą. Kolonoskopię przeprowadza się zarówno w celach diagnostycznych, jak i terapeutycznych. Główne wskazania do badania to profilaktyka raka jelita grubego, diagnozowanie polipów jelita grubego, diagnostyka celem ustalenie przyczyn zaburzeń w oddawaniu stolca lub krwawienia z odbytu jak również ocena stanów zapalnych dolnego odcinka przewodu pokarmowego. Podczas badania pobierane są wycinki do badań histopatologicznych.

Rektoskopia

Rektoskopia to badanie umożliwiające ocenę końcowego odcinka jelita grubego czyli odbytnicę. Ma na celu diagnostykę dolegliwości tej okolicy ciała, zgłaszanych przez pacjenta.

Sigmoidoskopia

Sigmoidoskopia to rodzaj badania endoskopowego jelita grubego, które pozwala zdiagnozować zmiany w ostatnim jego odcinku (odbytnicy, esicy i części zstępnicy). Umożliwia między innymi wykrywanie owrzodzeń, guzów, zmian polipowatych, jak i deformacji jelita oraz jego zmian naczyniowych. Dodatkowo, w trakcie badania można pobrać wycinki do badań histopatologicznych.